A la fin du XXXe siècle, la Terre est en conflit avec une race alien se faisant appeler les Illumidas. Le Capitaine Harlock, à bord de son vaisseau Deathshadow, revient d'un long voyage depuis l'espace pour ramener un groupe de réfugiés vers la planète bleue. Mais à sa grande surprise il est accueilli par des officiers Illumidiens. Les aliens ont conquis la Terre durant son absence et ont asservi l'humanité.
Les plus hauts dignitaires Terriens collaborent désormais avec l'envahisseur et enjoignent Harlock à se fondre dans la nouvelle hiérarchie. Mais Harlock, qui refuse de se déshonorer, prend contact avec plusieurs membres de la Résistance : Tochiro, un ingénieur avec lequel il possède des liens ancestraux, Emeraldas, une femme corsaire, et Maya, son amante qui dirige la dernière radio libre.
Ensemble il seront rejoints par d'autres combattants de la liberté qui ne reculeront ni devant le sacrifice ni devant l'exil pour suivre leurs idéaux. Sous le pavillon noir de l'Arcadia, combien choisiront de vivre et mourir en hommes libres ?