2012 : La guerre contre la race des géants Zentradiens a laissé la Terre en ruine. Ayant échappé de peu à l'extinction, les Nouvelles Nations Unies décident de lancer le projet Macross: La construction de gigantesques vaisseaux intergalactiques, à l'intérieur desquels est reconstitué l'écosystème terrien, grâce à la technologie acquise lors de la guerre afin d'assurer la survie de l'espèce humaine à travers la création de colonies sur les autres planètes habitable de la galaxie.

47 Ans plus tard, en 2059, la 25e flotte colonisatrice de type Macross, Macross Frontier, continue son voyage vers le centre de la galaxie. C'est à bord d'un vaisseau intergalactique qu'arrive la star de la chanson : Sheryl Nome. L'artiste est très attendue, notamment par Ranka, fan inconditionnelle à qui on a offert un billet pour assister au concert-événement de son idole. Lucas, Alto et Michael, trois élèves pilotes de valkyries embauchés pour animer ce fameux concert, comptent également parmi les fans de la chanteuse.

La vie semble donc bien paisible sur la colonie quand, alors que tout le monde a les yeux tournés vers le spectacle, des aliens surgissent de la ceinture d'astéroïdes. Après avoir anéanti la première ligne de défense, l'ennemi s'apprête à envahir la colonie : l'histoire serait-un éternel recommencement?