En 1999, un vaisseau alien s'écarse sur l'île d'Atalie du Sud. L'humanité sait maintenant qu'elle n'est pas seule dans l'univers. 10 ans plus tard le vaisseau a été réparé et baptisé SDF-1 Macross. Néanmoins, le jour du lancement, les Zentradiens arrivent sur Terre, débutant ainsi le guerre entre l'UN Spacy et les Zentradien, guerre qui changera pour toujours l'histoire des 2 espèces.

En 2010, le gouvernement des Nations unies de la Terre a mis fin à la Ière Guerre Spatiale avec les géants Zentradi. La Terre étant ravagée, des flottes coloniales destinées à trouver de nouveaux mondes habitables sont envoyées aux quatre coins de la galaxie régulièrement. Nous sommes en 2045. Cela fait sept ans que la 37e flotte d'émigration commandée par le New-Macross 7 se dirige vers le centre de la Voie lactée. Alors que la flotte s'approche du système solaire de Varauta, elle est attaquée par un étrange ennemi dont les appareils ressemblent étrangement à ceux utilisés par les Nations Unies. Les Varauta utilisent un rayon absorbant l'énergie vitale des humains, la spiritia, ce qui plonge les victimes dans un état comateux. L'armée est complètement dépassée par les évènements. Le seul espoir semble provenir d'un groupe de rock et de son chanteur, Nekki Basara, dont les chansons, comme celles de Lynn Minmay, perturbent les ennemis

Version cinéma de la série comprenant 20 minutes inédites, un montage différent ainsi qu'une nouvelle bande-son disponible en version japonaise et anglaise . En 2040, les humains ont colonisé la planète Eden. Elle est la scène de la rivalité entre deux pilotes d'essai chargés de tester de nouveaux modèles de chasseurs, l'YF-19 et l'YF-21, Isamu Alva Dyson, Guld Goa Bowman. Myung Fan Long, la productrice de la chanteuse virtuelle Sharon Apple, est une amie d'enfance commune aux deux pilotes. La programmation de Sharon permet à la chanteuse de devenir autonome et de prendre le contrôle de la forteresse SDF-1... Pour pouvoir réaliser les rêves de Muyng et des deux pilotes, en pensant bien faire...