En 1999, un énorme vaisseau extra-terrestre s'écrasa sur Terre. Les Humains parvinrent à maîtriser cette nouvelle technologie et l'utilisèrent dans un but militaire, aboutissant à une guerre entre les forces gouvernementales et antigouvernementales.

De nombreuses vies furent perdues lors de ces combats, et les forces militaires furent petit à petit obligées de recruter leurs soldats parmi les jeunes. C'est ainsi que Kudô Shin, jeune recrue qui n'était encore qu'un enfant lorsque le conflit commença, se retrouve au sein des forces gouvernementales en tant que pilote de F-14. Lors d'une mission, son appareil est touché et s'écrase en mer. A son réveil, il s'aperçoit qu'il a été sauvé par une tribu habitant une île qui semble avoir été oubliée par le temps : Maya.