Année 2015, à Tôkyô, Ayato et sa cousine Reika sont deux lycéens que rien ne semble distinguer des autres. Ils mènent une vie tranquille jusqu'à ce qu'une guerre éclate brutalement. Lors d'une tentative d'enlèvement, ils sont secourus par Haruka, une espionne au service de Terra qui lutte contre Mu, une étrange organisation. Elle les conduit ensuite dans le temple de Xephon où un immense robot repose. Elle leur apprend que seul Ayato est capable de le faire fonctionner. Après s’être échappé, elle leur annonce que le temps ne s'écoule pas au même rythme à Tôkyô et le reste du monde et que l'on est en 2033.

Un OAV tourné exclusivement sur le personnage de Quon et traitant de son introspection lors d'un de ses rêves.

RahXephon Tagen Hensoukyoku est le portage pur et simple de la série originelle en un format long-métrage. On retrouve donc les pérégrinations aventureuses, les tribulations amoureuses et autres interrogations métaphysiques de Ayato inchangées à celles de la série, assorties toutefois de quelques scènes supplémentaires précisant les relations entre personnages, surtout celles liant Ayato à Haruka.