L'histoire se déroule dans les années 2059, quand la Terre a été envahie par les aliens les années précédentes. Pour en apprendre un peu plus, nous rencontrons Dr. Noguchi et ses assistants Maki Agata et Takuto Kenishiro. Ils essaient de réanimer l'expérience du professeur, un grand bio-mecha alien nommé Frank. Durant le processus l'alien vient à la "vie" mais le laboratoire sera par la suite détruit et Takuto sera le seul survivant. L'alien lui disparaîtra dans le désert.

Tandis que Frank erre dans le désert, il fait la rencontre de Hattie, une jeune fille traumatisée par la mort de ses parents pendant la précédente guerre. Assez curieusement elle peut communiquer avec Frank et peu après ils seront pris comme officiers dans une myst"rieuse agence connue seulement sous le nom de "Funeral".
Cependant, Takuto se lève dans un lit d'hôpital avec sa vie tout en désordre, et son visage défiguré. Motivé par la vengance et son coeur brisé, Takuto acceptera une offre d'un mystérieux "Mr. X" et reçevra une nouvelle identité en rang d'officier dans Funeral, sous le nom de Ryu Soma.