En 2010, le gouvernement des Nations unies de la Terre a mis fin à la Ière Guerre Spatiale avec les géants Zentradi. La Terre étant ravagée, des flottes coloniales destinées à trouver de nouveaux mondes habitables sont envoyées aux quatre coins de la galaxie régulièrement. Nous sommes en 2045. Cela fait sept ans que la 37e flotte d'émigration commandée par le New-Macross 7 se dirige vers le centre de la Voie lactée. Alors que la flotte s'approche du système solaire de Varauta, elle est attaquée par un étrange ennemi dont les appareils ressemblent étrangement à ceux utilisés par les Nations Unies. Les Varauta utilisent un rayon absorbant l'énergie vitale des humains, la spiritia, ce qui plonge les victimes dans un état comateux. L'armée est complètement dépassée par les évènements. Le seul espoir semble provenir d'un groupe de rock et de son chanteur, Nekki Basara, dont les chansons, comme celles de Lynn Minmay, perturbent les ennemis

2012 : La guerre contre la race des géants Zentradiens a laissé la Terre en ruine. Ayant échappé de peu à l'extinction, les Nouvelles Nations Unies décident de lancer le projet Macross: La construction de gigantesques vaisseaux intergalactiques, à l'intérieur desquels est reconstitué l'écosystème terrien, grâce à la technologie acquise lors de la guerre afin d'assurer la survie de l'espèce humaine à travers la création de colonies sur les autres planètes habitable de la galaxie. 47 Ans plus tard, en 2059, la 25e flotte colonisatrice de type Macross, Macross Frontier, continue son voyage vers le centre de la galaxie. C'est à bord d'un vaisseau intergalactique qu'arrive la star de la chanson : Sheryl Nome. L'artiste est très attendue, notamment par Ranka, fan inconditionnelle à qui on a offert un billet pour assister au concert-événement de son idole. Lucas, Alto et Michael, trois élèves pilotes de valkyries embauchés pour animer ce fameux concert, comptent également parmi les fans de la chanteuse. La vie semble donc bien paisible sur la colonie quand, alors que tout le monde a les yeux tournés vers le spectacle, des aliens surgissent de la ceinture d'astéroïdes. Après avoir anéanti la première ligne de défense, l'ennemi s'apprête à envahir la colonie : l'histoire serait-un éternel recommencement?