En l'an UC0123, une partie de l'humanité vit dans des colonies spatiales situées autour de la Terre et de la Lune. Sur l'une d'elles, Frontier IV, vit le jeune Seabook Arno et sa famille. Alors qu'il sortait avec son amie Cecily, Seabook est pris dans l'attaque de Frontier IV par un mouvement armé, le Crossbone Vanguard. La colonie est gravement endommagée et la population paniquée est forcée d'évacuer en urgence. Dans la confusion, Cecily est enlevée par des membres du Crossbone Vanguard qui lui révèlent qu'elle est l'héritière de la famille Ronah qui les dirige. Seabook a pour sa part réussi à fuir la colonie et se réfugie auprès d'un vaisseau de la Fédération, le Space Ark. A l'intérieur l'attend un prototype de Mobile Suit, le Gundam F91. Le jeune homme accepte de piloter l'engin pour protéger sa famille et ses amis, mais il ne sait pas qui il rencontrera au combat.

Correct Century 2345 : les civilisations de la Terre sont revenues à un niveau technologique pré-industriel équivalent à celui du début du XXème siécle : sur le vaste continent de AmeriaLune décident de revenir habiter sur Terre. Parmi les éclaireurs envoyés par les sélénites, règne une nouvelle féodalité où chaque comté prospère en paix avec ses voisins malgré quelques rumeurs de guerre prochaine... Nul ne se souvient que jadis des humains vivaient dans l'espace, pourtant les descendants de ces derniers sont toujours là : acculés par le manque de ressources et la surpopulation, les habitants de la Loran Cehack, Keith Laijie et Fran Doll sont trois jeunes adolescents chargés de s'infiltrer sur les terres du comté de Inglessa. Ils se séparent pour mener leur mission à bien et l'un d'eux, Loran, trouve un emploi dans les mines de la famille Heim dont la fille ainée semble être le parfait sosie de la reine sélénite Dianna Soriel. Deux ans plus tard, celle-ci en personne arrive sur Terre à son tour, escortée par sa garde personnelle et quelques troupes de l'armée lunaire, afin de négocier l'acquisition de territoires pour son peuple affamé. Mais rapidement, les choses tournent mal : une nouvelle guerre commence entre les terriens effrayés et les sélénites désespérés, particulièrement ceux d'entre eux qui croient que le retour à la planète-mère ne fera que réveiller un horrible cauchemar profondément enfoui dans le passé oublié de l'Humanité, une période de l'Histoire qu'on ne se rappelle plus que sous le nom de Dark History et qui aurait mis fin à la civilisation spatiale...

En R.C. (Reguild Century) 1014, un apprenti pilote faisant partie d'une organisation, qui se doit de protéger un ascenseur orbital considéré comme sacré, va rencontrer lors d'une attaque un Mobile Suit très avancé, le G-Self et son pilote.