Nous sommes an l'an UC0096, soit plus de seize ans après la fameuse Guerre d'Un An qui vit s'affronter la Fédération Terrestre et la Principauté de Zeon dans le tout premier Mobile Suit Gundam. Sur la colonie spatiale Industrial 7, toujours en construction, le jeune orphelin Banagher Links se prépare à poursuivre ses études. Sa rencontre avec une mystérieuse fille se faisant appeler Audrey est le déclencheur d'une série d'évènements d'une ampleur historique. Ainsi, alors que sa colonie est attaquée par de puissants ennemis se revendiquant de Néo-Zeon, Banagher prendra le contrôle d'un Mobile Suit spécial, le Gundam Unicorn. Cette machine de combat détient dans son CPU les coordonnées d'une arme paraît-il capable d'assurer la victoire de Zeon sur la Fédération : la Boîte de Laplace. Banagher, seul capable de piloter l'Unicorn, doit alors prendre conscience des ses responsabilités.

UC 0153 : le Gouvernement Fédéral, jadis puissant, n'est plus que l'ombre de lui-même. Après avoir permis l'émancipation de la colonie spatiale Side-2 et la création de l'Empire de Zanscare, il a permis aux troupes d'élite de l'empire, les Yellow Jackets, de débarquer sur Terre et de les laisser procéder sans rien faire aux préparatifs d'un génocide généralisé de la population terrienne. Devant l'apathie totale du gouvernement, la population civile se regroupe en cellules de résistance et forme la Ligue Militaire, ultime rempart contre la sauvagerie des Yellow Jackets. Le jeune Usso Evin et son amie Shakti Kareen voient leur paisible existence définitivement broyée, le jour où un petit groupe de la Ligue Militaire arrive dans leur région apportant avec eux leur dernier atout, l'arme qui porte tout leurs espoirs : le prototype du V-Gundam.