UC 0079, sur la Colonie Side 7, trois Mobiles Suits de Zeon, des Zaku II, entrent dans la Colonie pour y trouver la nouvelle arme de la Fédération, un certain Projet V. Une alerte est déclenchée visant à évacuer les civils de la Colonie. Parmi eux se trouve Amuro Ray, un jeune homme dont le père travaillait sur ce fameux projet V. Il verra allongée sur un camion la nouvelle arme de la Fédération : un Mobile Suit du nom de Gundam.

Nous sommes an l'an UC0096, soit plus de seize ans après la fameuse Guerre d'Un An qui vit s'affronter la Fédération Terrestre et la Principauté de Zeon dans le tout premier Mobile Suit Gundam. Sur la colonie spatiale Industrial 7, toujours en construction, le jeune orphelin Banagher Links se prépare à poursuivre ses études. Sa rencontre avec une mystérieuse fille se faisant appeler Audrey est le déclencheur d'une série d'évènements d'une ampleur historique. Ainsi, alors que sa colonie est attaquée par de puissants ennemis se revendiquant de Néo-Zeon, Banagher prendra le contrôle d'un Mobile Suit spécial, le Gundam Unicorn. Cette machine de combat détient dans son CPU les coordonnées d'une arme paraît-il capable d'assurer la victoire de Zeon sur la Fédération : la Boîte de Laplace. Banagher, seul capable de piloter l'Unicorn, doit alors prendre conscience des ses responsabilités.

UC0087 : sept ans ont passé depuis la fin de la Guerre d'Un An. Rendu paranoïaque par les exactions des survivants des Forces de Zéon (voir Gundam 0083), le Gouvernement Fédéral a autorisé la création d'un corps d'armée spécial, les Titans, dont le rôle est de pourchasser ceux-ci, mais qui se comportent en véritables SS. C'est dans des conditions dramatiques que le jeune Camille Bidan va s'engager aux côtés de l'AEUG, groupe paramilitaire soutenu par des trust politico-économiques, pour lutter contre les Titans. Or, ce que tout le monde ignore encore, c'est que le conflit qui se dessine derrière ce qui fut tout d'abord une guerre froide, cache des enjeux bien plus complexes que quiconque peut l'imaginer. Alors qu'Amuro Rei, Bright Noah et les vétérans de la Guerre d'Un An doivent reprendre les armes, une nouvelle génération de jeunes gens va se consumer dans le brasier de la guerre, tandis que coulent les larmes du temps.

Correct Century 2345 : les civilisations de la Terre sont revenues à un niveau technologique pré-industriel équivalent à celui du début du XXème siécle : sur le vaste continent de AmeriaLune décident de revenir habiter sur Terre. Parmi les éclaireurs envoyés par les sélénites, règne une nouvelle féodalité où chaque comté prospère en paix avec ses voisins malgré quelques rumeurs de guerre prochaine... Nul ne se souvient que jadis des humains vivaient dans l'espace, pourtant les descendants de ces derniers sont toujours là : acculés par le manque de ressources et la surpopulation, les habitants de la Loran Cehack, Keith Laijie et Fran Doll sont trois jeunes adolescents chargés de s'infiltrer sur les terres du comté de Inglessa. Ils se séparent pour mener leur mission à bien et l'un d'eux, Loran, trouve un emploi dans les mines de la famille Heim dont la fille ainée semble être le parfait sosie de la reine sélénite Dianna Soriel. Deux ans plus tard, celle-ci en personne arrive sur Terre à son tour, escortée par sa garde personnelle et quelques troupes de l'armée lunaire, afin de négocier l'acquisition de territoires pour son peuple affamé. Mais rapidement, les choses tournent mal : une nouvelle guerre commence entre les terriens effrayés et les sélénites désespérés, particulièrement ceux d'entre eux qui croient que le retour à la planète-mère ne fera que réveiller un horrible cauchemar profondément enfoui dans le passé oublié de l'Humanité, une période de l'Histoire qu'on ne se rappelle plus que sous le nom de Dark History et qui aurait mis fin à la civilisation spatiale...

Octobre UC0083. Malgré la fin de la Guerre d'Un An et la capitulation de leur armée, une poignée de survivants des Forces du Duché de Zéon continue de comploter dans l'ombre. Menés par un amiral fanatique et organisés en guérilla, ils montent l'opération "Stardust" dans le plus grand secret. Koh Uraki, jeune pilote d'essai des Forces Fédérales, va connaître l'enfer de la guerre le jour où les Forces de Zéon attaquent la base de Torrington. Commence alors une longue course-poursuite à travers l'espace, où l'ennemi se cache et avance ses pions sur un échiquier à l'échelle stellaire!

Char Aznable est de retour, après plusieurs années de disparition. Il est désormais décidé à reprendrele flambeau de son père et à accomplir la théorie des Newtypes, selon laquelle l'humanité pourra accomplir son évolution en migrant vers l'espace. Pour ce faire, Char prend le contrôle de Neo-Zeon et s'installe dans la colonie Side 3. De là, il organise diverses opérations visant à détruire la Terre en y lâchant des astéroïdes. la Fédération tente de répliquer mais s'avère incapable de contrecarrer les plans de Char. Un dernier espoir réside dans une organisation nouvellement formée par des vétérans de la Guerre d'un An, Londo Bell. Celle-ci compte en effet dans ses rangs le Capitaine Bright Noa ainsi que le pilote du Gundam, Amuro Ray. L'heure est venue pour Char et Amuro de s'affronter une dernière fois pour décider de l'avenir de la race humaine.

UC 0088, la bataille de Gryps entre l'AEUG et les Titans a fait des ravages. L'AEUG a subit de lourdes pertes : le pilote du Hyaku Shiki Quattro Bageena, alias Char Aznable est porté disparu, Kamille Bidan, pilote du Zeta Gundam, est devenu inapte à quoique ce soit, les dommages subis par le vaisseau sont lourds. L'Argama décide donc d'abord de placer Kamille en hôpital, et pour cela ils se dirigent vers la colonie la plus proche : Shangri-La de Side 1. Cependant, sur Axis, Haman Karn profite de l'affaiblissement de la Fédération pour lancer son mouvement de résurrection de Zeon : Neo Zeon. Sur Shangri-La, l'arrivée de l'Argama est suivie par une bande de jeunes ferrailleurs, pour la plupart orphelins, qui décident d'aller voler le Zeta Gundam qui se trouve à bord du vaisseau avec l'espoir de le revendre. Cependant, une série d'évènement fera que notre bande de jeune deviendront les héros de la guerre contre Neo Zeon, avec Judau Ashta aux commandes du Zeta Gundam...

En fin d'année de l'UC 0079, pendant la très meurtrière Guerre d'Un An, Zeon envoit sur Terre l'escadron Cyclops pour la base Arctique de la Fédération. En effet, ils y ont découvert les préparatifs pour le décollage vers l'espace d'une navette contenant un nouveau prototype de la Fédération. Celle-ci aura pour destination Libot, une colonie du groupe de Side-6.

U.C. 0097. La Boîte de Laplace a été ouverte et ses révélations se sont propagées à travers l'univers. Néanmoins, bien que l'existence des Newtypes et leurs droits soient enfin reconnus, rien n'a vraiment changé. Jusqu'au jour où l'unité "Unicorn 03" réapparaît, tel une légende urbaine.

En l'an UC0123, une partie de l'humanité vit dans des colonies spatiales situées autour de la Terre et de la Lune. Sur l'une d'elles, Frontier IV, vit le jeune Seabook Arno et sa famille. Alors qu'il sortait avec son amie Cecily, Seabook est pris dans l'attaque de Frontier IV par un mouvement armé, le Crossbone Vanguard. La colonie est gravement endommagée et la population paniquée est forcée d'évacuer en urgence. Dans la confusion, Cecily est enlevée par des membres du Crossbone Vanguard qui lui révèlent qu'elle est l'héritière de la famille Ronah qui les dirige. Seabook a pour sa part réussi à fuir la colonie et se réfugie auprès d'un vaisseau de la Fédération, le Space Ark. A l'intérieur l'attend un prototype de Mobile Suit, le Gundam F91. Le jeune homme accepte de piloter l'engin pour protéger sa famille et ses amis, mais il ne sait pas qui il rencontrera au combat.

UC 0153 : le Gouvernement Fédéral, jadis puissant, n'est plus que l'ombre de lui-même. Après avoir permis l'émancipation de la colonie spatiale Side-2 et la création de l'Empire de Zanscare, il a permis aux troupes d'élite de l'empire, les Yellow Jackets, de débarquer sur Terre et de les laisser procéder sans rien faire aux préparatifs d'un génocide généralisé de la population terrienne. Devant l'apathie totale du gouvernement, la population civile se regroupe en cellules de résistance et forme la Ligue Militaire, ultime rempart contre la sauvagerie des Yellow Jackets. Le jeune Usso Evin et son amie Shakti Kareen voient leur paisible existence définitivement broyée, le jour où un petit groupe de la Ligue Militaire arrive dans leur région apportant avec eux leur dernier atout, l'arme qui porte tout leurs espoirs : le prototype du V-Gundam.

UC 0079. Loin des grandes batailles épiques, Shiro Amada, jeune officier de la Fédération Terrienne, et son équipe de mobile suits sont dépêchés pour affronter Zeon en Asie du Sud. En chemin, l’unité tombe inopinément sur un robot ennemi et Shiro engage le combat. Après avoir entre-détruit leur machine, les deux pilotes se retrouvent seuls. Shiro constate alors que son adversaire est une jeune fille, Aina Sahalin, et se sent attiré par elle. Il soigne donc ses blessures et ne la quitte qu’au petit matin. De retour dans son unité, Shiro prend la tête du 8e bataillon de mobile suits et doit mener de durs combats au front, une zone hostile où la guerre cède le pas aux guérillas sanglantes et pesantes. De son côté, Aina Sahalin se voit confier les commandes d’un mobile suit expérimental très puissant, conçu par son frère Ginius. Inévitablement, les deux protagonistes vont devoir se combattre de nouveau, tiraillés entre amour et loyauté.