UC 0079, sur la Colonie Side 7, trois Mobiles Suits de Zeon, des Zaku II, entrent dans la Colonie pour y trouver la nouvelle arme de la Fédération, un certain Projet V. Une alerte est déclenchée visant à évacuer les civils de la Colonie. Parmi eux se trouve Amuro Ray, un jeune homme dont le père travaillait sur ce fameux projet V. Il verra allongée sur un camion la nouvelle arme de la Fédération : un Mobile Suit du nom de Gundam.

Octobre UC0083. Malgré la fin de la Guerre d'Un An et la capitulation de leur armée, une poignée de survivants des Forces du Duché de Zéon continue de comploter dans l'ombre. Menés par un amiral fanatique et organisés en guérilla, ils montent l'opération "Stardust" dans le plus grand secret. Koh Uraki, jeune pilote d'essai des Forces Fédérales, va connaître l'enfer de la guerre le jour où les Forces de Zéon attaquent la base de Torrington. Commence alors une longue course-poursuite à travers l'espace, où l'ennemi se cache et avance ses pions sur un échiquier à l'échelle stellaire!

UC 0079. Loin des grandes batailles épiques, Shiro Amada, jeune officier de la Fédération Terrienne, et son équipe de mobile suits sont dépêchés pour affronter Zeon en Asie du Sud. En chemin, l’unité tombe inopinément sur un robot ennemi et Shiro engage le combat. Après avoir entre-détruit leur machine, les deux pilotes se retrouvent seuls. Shiro constate alors que son adversaire est une jeune fille, Aina Sahalin, et se sent attiré par elle. Il soigne donc ses blessures et ne la quitte qu’au petit matin. De retour dans son unité, Shiro prend la tête du 8e bataillon de mobile suits et doit mener de durs combats au front, une zone hostile où la guerre cède le pas aux guérillas sanglantes et pesantes. De son côté, Aina Sahalin se voit confier les commandes d’un mobile suit expérimental très puissant, conçu par son frère Ginius. Inévitablement, les deux protagonistes vont devoir se combattre de nouveau, tiraillés entre amour et loyauté.