UC 0088, la bataille de Gryps entre l'AEUG et les Titans a fait des ravages. L'AEUG a subit de lourdes pertes : le pilote du Hyaku Shiki Quattro Bageena, alias Char Aznable est porté disparu, Kamille Bidan, pilote du Zeta Gundam, est devenu inapte à quoique ce soit, les dommages subis par le vaisseau sont lourds. L'Argama décide donc d'abord de placer Kamille en hôpital, et pour cela ils se dirigent vers la colonie la plus proche : Shangri-La de Side 1. Cependant, sur Axis, Haman Karn profite de l'affaiblissement de la Fédération pour lancer son mouvement de résurrection de Zeon : Neo Zeon. Sur Shangri-La, l'arrivée de l'Argama est suivie par une bande de jeunes ferrailleurs, pour la plupart orphelins, qui décident d'aller voler le Zeta Gundam qui se trouve à bord du vaisseau avec l'espoir de le revendre. Cependant, une série d'évènement fera que notre bande de jeune deviendront les héros de la guerre contre Neo Zeon, avec Judau Ashta aux commandes du Zeta Gundam...

Nous sommes an l'an UC0096, soit plus de seize ans après la fameuse Guerre d'Un An qui vit s'affronter la Fédération Terrestre et la Principauté de Zeon dans le tout premier Mobile Suit Gundam. Sur la colonie spatiale Industrial 7, toujours en construction, le jeune orphelin Banagher Links se prépare à poursuivre ses études. Sa rencontre avec une mystérieuse fille se faisant appeler Audrey est le déclencheur d'une série d'évènements d'une ampleur historique. Ainsi, alors que sa colonie est attaquée par de puissants ennemis se revendiquant de Néo-Zeon, Banagher prendra le contrôle d'un Mobile Suit spécial, le Gundam Unicorn. Cette machine de combat détient dans son CPU les coordonnées d'une arme paraît-il capable d'assurer la victoire de Zeon sur la Fédération : la Boîte de Laplace. Banagher, seul capable de piloter l'Unicorn, doit alors prendre conscience des ses responsabilités.

Année 0096 du calendrier universel. Banagher Banks est un jeune adolescent qui vit seul dans une lointaine colonie spatiale depuis le décès de sa mère. Élève sérieux d'Anheims Electronics, il est en quelque sorte un surdoué. Bien que souvent entouré de son groupe d'amis, il ne peut pas s'empêcher de porter son intérêt vers les étoiles. Il voit sa vie changer quand il sauve la vie d'une jeune demoiselle en détresse, et cette dernière l'implique tôt ou tard dans le mystérieux projet Gundam Unicorn.

C'est un épisode récapitulatif de Mobile Suit Gundam, de Mobile Suit Zeta Gundam, de Mobile Suit Gundam ZZ, de Mobile Suit Gundam : Char's Counter Attack et un prequel de Mobile Suit Gundam UC.