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Char Aznable est de retour, après plusieurs années de disparition. Il est désormais décidé à reprendrele flambeau de son père et à accomplir la théorie des Newtypes, selon laquelle l'humanité pourra accomplir son évolution en migrant vers l'espace. Pour ce faire, Char prend le contrôle de Neo-Zeon et s'installe dans la colonie Side 3. De là, il organise diverses opérations visant à détruire la Terre en y lâchant des astéroïdes. la Fédération tente de répliquer mais s'avère incapable de contrecarrer les plans de Char. Un dernier espoir réside dans une organisation nouvellement formée par des vétérans de la Guerre d'un An, Londo Bell. Celle-ci compte en effet dans ses rangs le Capitaine Bright Noa ainsi que le pilote du Gundam, Amuro Ray. L'heure est venue pour Char et Amuro de s'affronter une dernière fois pour décider de l'avenir de la race humaine.

C'est un épisode récapitulatif de Mobile Suit Gundam, de Mobile Suit Zeta Gundam, de Mobile Suit Gundam ZZ, de Mobile Suit Gundam : Char's Counter Attack et un prequel de Mobile Suit Gundam UC.

U.C. 0097. La Boîte de Laplace a été ouverte et ses révélations se sont propagées à travers l'univers. Néanmoins, bien que l'existence des Newtypes et leurs droits soient enfin reconnus, rien n'a vraiment changé. Jusqu'au jour où l'unité "Unicorn 03" réapparaît, tel une légende urbaine.

En l'an UC0123, une partie de l'humanité vit dans des colonies spatiales situées autour de la Terre et de la Lune. Sur l'une d'elles, Frontier IV, vit le jeune Seabook Arno et sa famille. Alors qu'il sortait avec son amie Cecily, Seabook est pris dans l'attaque de Frontier IV par un mouvement armé, le Crossbone Vanguard. La colonie est gravement endommagée et la population paniquée est forcée d'évacuer en urgence. Dans la confusion, Cecily est enlevée par des membres du Crossbone Vanguard qui lui révèlent qu'elle est l'héritière de la famille Ronah qui les dirige. Seabook a pour sa part réussi à fuir la colonie et se réfugie auprès d'un vaisseau de la Fédération, le Space Ark. A l'intérieur l'attend un prototype de Mobile Suit, le Gundam F91. Le jeune homme accepte de piloter l'engin pour protéger sa famille et ses amis, mais il ne sait pas qui il rencontrera au combat.

L'histoire se déroule quelque temps après les événements de Mobile Suit Gundam UC RE:0096. Arlette Almage et Danton Hyleg, anciennement affiliés à Zeon, sont choisis pour infiltrer la base Axis afin de découvrir les secrets qu'elle renferme.

Année 0096 du calendrier universel. Banagher Banks est un jeune adolescent qui vit seul dans une lointaine colonie spatiale depuis le décès de sa mère. Élève sérieux d'Anheims Electronics, il est en quelque sorte un surdoué. Bien que souvent entouré de son groupe d'amis, il ne peut pas s'empêcher de porter son intérêt vers les étoiles. Il voit sa vie changer quand il sauve la vie d'une jeune demoiselle en détresse, et cette dernière l'implique tôt ou tard dans le mystérieux projet Gundam Unicorn.

UC 0096 : trois ans se sont écoulés depuis la conclusion de la Seconde Guerre de Neo Zeon. La Fondation Vist, que l'on soupçonne de manipuler à la fois Anaheim Electronics et le gouvernement fédéral, s'apprête à céder un objet secret aux survivants de Neo Zeon surnommés les Manchettes, dans l'espoir de créer un monde nouveau. Ceci pourrait conduire à l'ouverture de la Boîte de Laplace, qui contient un terrible secret lié aux origines du Siècle Universel. L'échange doit avoir lieu sur la colonie industrielle Industrial 7. C'est là qu'habite Banagher Links, un jeune lycéen qui sauve une jeune fille piégée dans la zone en apesanteur de la colonie. Cette jeune fille prétend s'appeler Audrey Burn et cherche à empêcher une guerre. Mais Banagher se retrouve bientôt entraîné dans les intrigues qui entourent la Boîte de Laplace, comme attiré par quelque chose d'enraciné au plus profond de ses gènes.