Une fois, il y eut une guerre... De toutes les guerres spatiales, ce fut la septième : après plusieurs mois d'un conflit exténuant, les colonies insurgées menacèrent la Terre d'une destruction totale pour obtenir sa reddition. La Fédération, en retour, mobilisa son arme la plus puissante pour contrecarrer les plans des Forces Révolutionnaires : le Gundam X. Il en résulta la plus grande tragédie de l'Histoire qui oblitéra 99% de l'humanité.

15 après cet holocauste, le monde survit comme il peut. Entre les petites nations-états qui ont remplacé la Fédération, des mercenaires-voleurs appelés Vultures fouillant les ruines de la civilisation précédente pour en exhumer des artefacts des temps anciens qu'ils revendront au plus offrant. Garrod Roan est un orphelin des décombres : n'ayant appris qu'à compter sur lui-même, il vit de petites rapines, magouilles diverses et autres arnaques. Un jour, un personnage mystérieux l'embauche pour qu'il retrouve une jeune fille de son âge, une certaine Tiffa Adil prisonnière du vaisseau vulture Frieden que commande le non moins mystérieux Jamil Neate. La rumeur prétend que celui-ci aurait été un puissant newtype pendant la guerre, une de ces personnes prétendument aux capacités extra-sensorielles surhumaines pour la liberté desquelles les colonies s'étaient révoltées. Entre autres raisons...

Mais lorsque Garrod s'enfuit avec Tiffa, il constate rapidement que celle-ci fait preuve d'une intuition étonnante : se pourrait-il que la légende des newtypes soit vraie ? Alors qu'ils sont poursuivis, les deux jeunes gens échouent dans une usine de Mobile Suits abandonnée. Là, ils découvrent une relique d'autrefois : le tristement célèbre Gundam X, celui-là même qui aurait provoqué la ruine de la sphère humaine...