Char Aznable est de retour, après plusieurs années de disparition. Il est désormais décidé à reprendrele flambeau de son père et à accomplir la théorie des Newtypes, selon laquelle l'humanité pourra accomplir son évolution en migrant vers l'espace. Pour ce faire, Char prend le contrôle de Neo-Zeon et s'installe dans la colonie Side 3. De là, il organise diverses opérations visant à détruire la Terre en y lâchant des astéroïdes. la Fédération tente de répliquer mais s'avère incapable de contrecarrer les plans de Char. Un dernier espoir réside dans une organisation nouvellement formée par des vétérans de la Guerre d'un An, Londo Bell. Celle-ci compte en effet dans ses rangs le Capitaine Bright Noa ainsi que le pilote du Gundam, Amuro Ray. L'heure est venue pour Char et Amuro de s'affronter une dernière fois pour décider de l'avenir de la race humaine.

En l'an UC0123, une partie de l'humanité vit dans des colonies spatiales situées autour de la Terre et de la Lune. Sur l'une d'elles, Frontier IV, vit le jeune Seabook Arno et sa famille. Alors qu'il sortait avec son amie Cecily, Seabook est pris dans l'attaque de Frontier IV par un mouvement armé, le Crossbone Vanguard. La colonie est gravement endommagée et la population paniquée est forcée d'évacuer en urgence. Dans la confusion, Cecily est enlevée par des membres du Crossbone Vanguard qui lui révèlent qu'elle est l'héritière de la famille Ronah qui les dirige. Seabook a pour sa part réussi à fuir la colonie et se réfugie auprès d'un vaisseau de la Fédération, le Space Ark. A l'intérieur l'attend un prototype de Mobile Suit, le Gundam F91. Le jeune homme accepte de piloter l'engin pour protéger sa famille et ses amis, mais il ne sait pas qui il rencontrera au combat.

Nous sommes an l'an UC0096, soit plus de seize ans après la fameuse Guerre d'Un An qui vit s'affronter la Fédération Terrestre et la Principauté de Zeon dans le tout premier Mobile Suit Gundam. Sur la colonie spatiale Industrial 7, toujours en construction, le jeune orphelin Banagher Links se prépare à poursuivre ses études. Sa rencontre avec une mystérieuse fille se faisant appeler Audrey est le déclencheur d'une série d'évènements d'une ampleur historique. Ainsi, alors que sa colonie est attaquée par de puissants ennemis se revendiquant de Néo-Zeon, Banagher prendra le contrôle d'un Mobile Suit spécial, le Gundam Unicorn. Cette machine de combat détient dans son CPU les coordonnées d'une arme paraît-il capable d'assurer la victoire de Zeon sur la Fédération : la Boîte de Laplace. Banagher, seul capable de piloter l'Unicorn, doit alors prendre conscience des ses responsabilités.