Il y a 10 ans qui sont passés après le combat final entre Cybertron et Unicron, la planète qui est donc vivante et qui est contrôlé par Optimus Prime et Megatron. Les Transformers qui sont des robots transformables en véhicule : les héroïques Autobots qui sont dirigés par Optimus Prime depuis longtemps et les belliqueux Decepticons qui sont dirigés par Megatron. Depuis longtemps ces deux clans ont vécu ensemble en harmonie et en vie paisible depuis qu'on a perdu de vue le cruel et l'impitoyable Megatron qui était donc alors le chef des Decepticons. Cependant il y a une découverte de la source d'énergie fantastique et indispensable pour les Transformers, elle se nomme "Energon". Ceci attira un nouvel ennemi qui est donc redoutable se présente en scène et ce nouvel ennemi se nomme Scorponok qui est accompagné à ses cotés des monstres transformables qui se nomment donc les Terrorcons qui espèrent bien s'emparer du pouvoir "Energon" afin qu'ils puissent ressusciter Unicron. Mais heureusement, Optimus Prime qui est toujours le chef des Autobots décide de les arrêter. Car Optimus Prime sera aidé dans ses besoins par un groupe de jeunes gens qui sont de courageux humains menés par Kicker et sa bande qui possède des capacités à localiser "Energon". Mais l'avenir va faire que les Autobots vont avoir de rude épreuves à affronter car ces nouveaux ennemis feront la connaissances d'un vieil ennemi d'Optimus Prime...

À l'origine, les Autobots et les Decepticons, des robots intelligents transformables, se livraient bataille sur la planète Cybertron. Depuis des millions d'années, la planète Cybertron est victime d'une guerre civile robotique. D'un côté, les Autobots, menés par leur chef Optimus Prime et de l'autre, les Decepticons dirigés par Mégatron. Après des millénaires de luttes, la balance semble tourner à l'avantage des Decepticons et les Autobots ont perdu peu à peu tout contrôle. Il ne reste plus qu'une seule solution, monter à bord d'une navette Autobot, l'Arche, et trouver du combustible ailleurs. Les Decepticons ne s'imaginent pas qu'en les poursuivant, leur combat provoquerait leur perte à tous. Dans le feu du combat, l'Arche s'écrase sur la Terre dans une montagne d'Amérique du Nord. À bord de l'engin, aucun signe de vie. 4 millions d'années plus tard, l'ordinateur de bord, Télétraan 1, se remet en marche et commence à rassembler les robots, Autobots comme Decepticons. L'Arche envoie des sondes dans le monde entier pour repérer les engins utilisés par les humains, principalement les véhicules et recueille un maximum d'informations. Toutes ces bases de données serviront à l'ordinateur pour reconstruire les robots et les adapter. Optimus Prime et ses Autobots vont affronter de nouveau Mégatron et ses Decepticons sur notre planète. Tandis que les Decepticons ont juré de s'emparer des ressources d'énergie de la Terre, les Autobots s'allient aux humains Spike (La Flèche) et Sparkplug (Malabar) pour les en empêcher.