L'histoire se déroule durant le voyage que Sora entame à la fin de Kingdom Hearts. Au début, Sora est nostalgique car Riku et Kairi lui manquent, mais, alors que tous sont endormis, il est éveillé par une présence derrière lui qui s'avère être un homme vêtu d'une longue cape noire. Cet homme le met en garde contre le chemin qu'il suit, lui disant que pour poursuivre, il devra abandonner une chose qui lui est très cher. Malgré tout, le porteur de la keyblade poursuit son chemin.