L'histoire débute sur l'île du destin où nous rencontrons sur la plage trois adolescents : Sora, Riku et Kairi. Ceux-ci construisent un radeau afin de pouvoir explorer les divers mondes existants, car ils se sont lassés de leurs vies monotones et rêvent d'aventures. Mais la nuit avant leur départ, d'hostiles créatures attaquent l'île. Sora inquiet part à la recherche de ses amis et les voient se faire happer les uns après les autres par les ténèbres...

Roxas est un jeune habitant de Cité du crépuscule qui semble tout à fait banal. Cependant, il a un lien tout particulier avec Sora et avec la keyblade qu'il peut également manier. Dans ses rêves, il revoit le passé de Sora mais ne comprend pas vraiment ce qu'ils signifient. Jusqu'au jour où un Simili le mènera vers une étrange maison dont l'entré est verrouillée. A l'intérieur vit une jeune fille : Naminé, qui semble en savoir long sur la véritable identité de Roxas.

La "mort" de Sora dans Kingdom Hearts à donné naissance à un simili, un être sans coeur, résidu du corps de la personne décédée. Ce jeune homme rencontre un jour une étrange personne vêtu d'un long manteau noir. Il se nomme Xemnas et dirige une organisation essentiellement composée de similis, l'Organisation XIII. Xemnas va intégrer le simili de Sora à son Organisation sous le nom de Roxas, le numéro 13, la Clé du Destin. En effet, comme Sora, Roxas est capable de manier une Keyblade. Cependant, et contrairement aux autres similis de l'Organisation, Roxas ne garde aucun souvenir, que ce soit d'émotions, ou de Sora, il a donc beaucoup de choses à apprendre. Kingdom Hearts : 358/2 Days raconte l'histoire de Roxas au sein de l'Organisation. Son évolution, mais également ses relations avec les autres membres, notamment avec Xion, la mystérieuse 14è membre qui, comme lui, manie une Keyblade e