La "mort" de Sora dans Kingdom Hearts à donné naissance à un simili, un être sans coeur, résidu du corps de la personne décédée. Ce jeune homme rencontre un jour une étrange personne vêtu d'un long manteau noir. Il se nomme Xemnas et dirige une organisation essentiellement composée de similis, l'Organisation XIII. Xemnas va intégrer le simili de Sora à son Organisation sous le nom de Roxas, le numéro 13, la Clé du Destin. En effet, comme Sora, Roxas est capable de manier une Keyblade. Cependant, et contrairement aux autres similis de l'Organisation, Roxas ne garde aucun souvenir, que ce soit d'émotions, ou de Sora, il a donc beaucoup de choses à apprendre. Kingdom Hearts : 358/2 Days raconte l'histoire de Roxas au sein de l'Organisation. Son évolution, mais également ses relations avec les autres membres, notamment avec Xion, la mystérieuse 14è membre qui, comme lui, manie une Keyblade e

L'histoire se déroule durant le voyage que Sora entame à la fin de Kingdom Hearts. Au début, Sora est nostalgique car Riku et Kairi lui manquent, mais, alors que tous sont endormis, il est éveillé par une présence derrière lui qui s'avère être un homme vêtu d'une longue cape noire. Cet homme le met en garde contre le chemin qu'il suit, lui disant que pour poursuivre, il devra abandonner une chose qui lui est très cher. Malgré tout, le porteur de la keyblade poursuit son chemin.