L’histoire narre des évènements qui sont antérieurs à Puella Magi Madoka Magica (il est cependant nécessaire d‘avoir lu l‘histoire originale pour comprendre).

Dans la ville de Mitakihara, on retrouve Kyôko Sakura en train d’exterminer une sorcière. Elle découvre alors un jeune enfant devant les corps de ses parents, désormais disparus.Kyôko lui explique alors qu’elle est une Puella Magi et que son rôle est de détruire ces sorcières qui apportent le désespoir.

L’enfant, prénommée Yuma Chitose, décide alors de se venger en devenant elle aussi une Puella Magi. Kyôko, en désaccord avec elle, décide quand même de la prendre sous son aile pour, ainsi, lui montrer la réalité de son rôle et lui faire changer d’avis.

Elle découvre alors que Kyuubey, la familier qui transforme les filles, veut faire d’elle une Puella Magi et qu’une mystérieuse Oriko Mikuni, capable de prévoir les