Une fille magique, Iroha Tamaki, cherche sa sœur disparue dans la mystérieuse ville de Kamihama, où la rumeur dit que les filles magiques peuvent obtenir le salut.

Une famille aimante, des amis précieux, des rires et des larmes… une vie on ne peut plus ordinaire. La vie de Madoka Kaname, une élève de quatrième comme les autres au collège de Mitakihara. Un jour, celle-ci fait une rencontre mystérieuse avec Kyubey, un être singulier pouvant accorder un vœu à une jeune fille de son choix. En contrepartie, cette dernière deviendra une « puella magica », une magicienne qui devra combattre les sorcières et les créatures maléfiques qui tourmentent notre quotidien, jusqu’à pousser les humains au suicide. Une nouvelle vie pleine d’aventure s’ouvre à Madoka, aux côtés d’autres magical girls aux pouvoirs fascinants.