Ce manga est la suite directe de Puella Magi Madoka Magica.

Après avoir perdu ses amies, Madoka Kaname a enfin fait son vœu : la nouvelle Puella Magi décide de sauver toutes les jeunes filles sur le point de se transformer en sorcière, en sacrifiant sa propre vie.Homura Akemi, meilleure amie de Madoka et elle aussi Puella Magi, s'est très longtemps battue pour tenter de l'empêcher de passer un contrat avec Kyuubey l'Incubateur, en vain.

Seule personne à être en capacité de se souvenir d'elle, Homura continue son combat solitaire dans son monde, pour continuer la mission de son amie.