La série est une parodie de Neon Genesis Evangelion , dans lequel les héros de la série sont des étudiants devant se rendre chaque jour au lycée.

An 2000. Un astéroïde frappa la Terre, provoquant un cataclysme sans précédent. Les humains qui survécurent construisirent une nouvelle ville, Tokyo-3, et s'apprêtaient à vivre enfin en paix lorsque de mystérieuses créatures appelées “Anges” apparurent, semant la terreur et la destruction. Qui sont les Anges ? D'où viennent-ils ? Ont-ils un lien avec l'astéroïde ? Mystère ! Sauf pour le commandant de l'organisation N.E.R.V. qui possède la seule arme capable de les repousser : les Evangelions, gigantesques machines de guerre humanoïdes. Mais lorsqu'un nouvel Ange surgit, il manque encore l'essentiel : un pilote…