En 2015, soit 15 après le Second Impact, un cataclysme planétaire provoqué par une explosion en Antarctique, la ville forteresse Tokyo-3 est menacée par les Anges, des êtres gigantesques détruisant tout sur leur passage. Pour les combattre, l'organisation secrète NERV a mis au point des Evangelions, appelés aussi Eva, d'immenses créatures bio-mécaniques pilotées par de jeunes adolescents. Espérant gagner l'affection de son père, Shinji Ikari prend les commandes de l'Eva-01. Il ignore tout de l'envergure du conflit qui se joue et de son implication...