L’histoire se déroule en 2024, au Japon. La ville originelle de Tokyo est en quarantaine depuis dix ans. Cette date correspond à l’apparition d’un virus potentiellement mortel et extrêmement contagieux, le virus Pandora. Hiro Sakaki et ses camarades sont infectés, et leurs yeux rouges témoignent de leur état. Un jour, leur bus est attaqué par une étrange jeune fille et les enfants se retrouvent dans la ville fantôme. Enfin, supposée fantôme… A présent, des infectés y font la loi, grâce à des pouvoirs extraordinaires développés grâce au virus : c’est ce qu’ils appellent le Malicious Code. Hiro s’aperçoit que lui aussi a développé ce pouvoir lors d’un combat avec un autre infecté. D’où viennent ces étranges facultés ? Et si le virus Pandora n’était qu’une expérience lancée par le Gouvernement pour purifier la ville ? Hiro va devoir trouver des réponses.