Une ancienne race extraterrestre a colonisé notre planète il y a des milliards d'années et a créé l'arme ultime : l'Homme. Cette race était composée de clans s'affrontant constamment. Ainsi les humains se battent à leur place et ils leur ont créé une arme : le Bio-Booster Armor Guyver. C'est une armure qui une fois activée fusionne avec le corps et se transforme en armure parfaite. Maintenant cette race est éteinte depuis des millénaires, mais une société, la Chronos Corporation, recherche les modules Guyver restant sur Terre. Pour ce faire, elle utilise des Zoanoïds : des humains modifiés génétiquement aux capacités physiques et spéciales amplifiées. Sho Fukamachi met accidentellement la main sur l'une de ces armures et l'active malgré lui...

Une mystérieuse société baptisée Cronos a mis la main sur un nouveau type d’armure biologique appelée Guyver. Cette entité prend possession du corps d’un être humain et lui transmet un certain nombre de pouvoirs. Malheureusement pour Chronos, l’une des trois armures tombe entre les mains du lycéen Shô Fukamachi, un jeune homme solitaire et timide, amoureux de la sœur de son meilleur ami, Mizuki Segawa, mais incapable de lui avouer ses sentiments. Confronté à des créatures hybrides nommées les Zoanoids (des êtres humains capables de se transformer en monstres) Shô, aidé de Guyver, décide de lutter pour mettre fin à Cronos. Dans l’ombre apparaît alors un autre Guyver, bien mystérieux. Est-il du côté de notre héros ou bien au contraire a-t-il décidé de prendre le parti de Cronos ?