Une mystérieuse société baptisée Cronos a mis la main sur un nouveau type d’armure biologique appelée Guyver. Cette entité prend possession du corps d’un être humain et lui transmet un certain nombre de pouvoirs. Malheureusement pour Chronos, l’une des trois armures tombe entre les mains du lycéen Shô Fukamachi, un jeune homme solitaire et timide, amoureux de la sœur de son meilleur ami, Mizuki Segawa, mais incapable de lui avouer ses sentiments. Confronté à des créatures hybrides nommées les Zoanoids (des êtres humains capables de se transformer en monstres) Shô, aidé de Guyver, décide de lutter pour mettre fin à Cronos. Dans l’ombre apparaît alors un autre Guyver, bien mystérieux. Est-il du côté de notre héros ou bien au contraire a-t-il décidé de prendre le parti de Cronos ?