Miyori, jeune fille de 11 ans, vient de déménager à la campagne suite au divorce de ses parents et loge désormais chez sa grand-mère, dans un petit village de montagne. En citadine Tokyoïte, elle trouve d'abord sa nouvelle vie passablement ennuyeuse sans aucune activité intéressante à faire dans les alentours. Mais très vite, elle découvre sa capacité à dialoguer avec le monde des esprits, et apprend que depuis sa naissance, elle était destinée à devenir la déesse protectrice de la forêt.
Quand un projet de barrage est annoncé, risquant d'engloutir toute la vallée sous les eaux, elle décide de tout mettre en œuvre pour que les responsables de ce dessein renoncent à son aboutissement.