Takuya est un jeune garçon qui rêve d'aventures. Après une énième dispute avec sa famille, il reçoit un mystérieux message lui indiquant qu'il peut commencer une nouvelle vie en montant dans un train qui ne va pas tarder à partir de la gare. Takuya, voulant fuir les remontrances de ses parents, monte dans le train qui l'emmène dans un nouveau monde inconnu, Le Digi World, un endroit rempli de créatures digitales appelées Digimon. Avec ses nouveaux camarades Izumi, Junpei, Tomoki et Kôji, ils découvrent qu'ils sont les Enfants Élus pouvant se transformer en l'un des Dix Guerriers Légendaires grâce à leur Spirit. Ils partent donc en quête des autres Spirit afin de combattre le digimon maléfique Cherubimon et ainsi ramener la paix dans le Digi World.