Takuya, JP, Kouji, Zoe et Tommy (les digisauveurs de Digimon Frontier) sont toujours dans le monde digital. Ils se retrouvent séparés en deux groupes sur une île, et vont y rencontrer chacun de leur côté deux clans de digimons qui se battent l'un contre l'autre et ne peuvent se supporter. Mais ce problème n'est pas le seul que les enfants auront à surmonter.

Les "Digimon' sont les "Monstres Digitaux". Selon l'histoire, ils sont des habitants du "Digimonde", une représentation du réseau de communication de la Terre. Cette histoire est à propos d'un groupe constitué majoritairement de pré-adolescents, les "Enfants Élus" (DigiDestined dans la version anglaise), qui accompagnent des Digimon spéciaux nés pour défendre leur monde (et le nôtre) des forces maléfiques. Pour les aider à surmonter les épreuves les plus difficiles qu'ils trouveront dans chaque monde, les Digimon ont la capacité d'évoluer (Digivoluer). Durant ce processus, les Digimon changent d'apparence et deviennent bien plus fort, parfois changeant également de personnalité. Le groupe d'enfants en contact avec le Monde Digital change de saison en saison.

Le destin de Takato Matsuda, Ruki Matsuno, et Lee Jenrya est bouleversé lorsqu'ils font la rencontre de "Digimon" réel, issu du jeu de carte auquel ils jouent. Chacun des enfants, appelés aussi, "Digimon Tamers", ont des opinions très différents sur la façon dont les 'digimons" doivent être traités. Alors que d'autres digimons commencent à apparaître dans tout le Japon, ils mettent leur différence de côté pour reconduire les digimon dans leur monde. Yamaki, qui est à la tête d'une organisation secrète appelé Hypnos essaie d'éliminer tous les digimons.

Masaru, jeune écolier de 14 ans, ne perd jamais un combat. Il rencontre Agumon qui vient de s'enfuir de la DATS (une organisation secrète du Gouvernement). Après quelques fausses impressions, ils deviennent meilleurs amis. Avec Yoshino et Touma dans la DATS, Ils enquêteront sur des accidents variés concernant le Digi-World et les Digimons et en chercheront la cause.

Taiki Kudo is an upbeat boy with a desire to help those in need, although he tends to overexert himself. One day, he hears the voice of a Digimon named Shoutmon who is on the verge of death. Wanting to help him, Taiki is given a Digivice known as a Xros Loader, and he and his friends Akari Hinomoto and Zenjiro Tsurugi are warped to the Digital World where they meet Shoutmon and his allies, Ballistamon, Starmon and the Pickmons. By using the power of the Xros Loader, Taiki can perform a DigiXros, which can fuse any of his allies together into different forms. Taiki and his friends use this ability to fight the forces of the Bagura Empire while crossing paths with teams Blue Flare and Twilight.