Le monde des humains a été attaqué par une puissante force inconnue. Utilisant d'étranges épines empoisonnées, il a plongé une bonne partie de la population de la planète dans un profond sommeil… Guidés par une jeune fille qu'ils ont sauvé, Agumon, Gaomon et Lalamon vont devoir sauver le monde des griffes d'Argomon.

Les "Digimon' sont les "Monstres Digitaux". Selon l'histoire, ils sont des habitants du "Digimonde", une représentation du réseau de communication de la Terre. Cette histoire est à propos d'un groupe constitué majoritairement de pré-adolescents, les "Enfants Élus" (DigiDestined dans la version anglaise), qui accompagnent des Digimon spéciaux nés pour défendre leur monde (et le nôtre) des forces maléfiques. Pour les aider à surmonter les épreuves les plus difficiles qu'ils trouveront dans chaque monde, les Digimon ont la capacité d'évoluer (Digivoluer). Durant ce processus, les Digimon changent d'apparence et deviennent bien plus fort, parfois changeant également de personnalité. Le groupe d'enfants en contact avec le Monde Digital change de saison en saison.

Le destin de Takato Matsuda, Ruki Matsuno, et Lee Jenrya est bouleversé lorsqu'ils font la rencontre de "Digimon" réel, issu du jeu de carte auquel ils jouent. Chacun des enfants, appelés aussi, "Digimon Tamers", ont des opinions très différents sur la façon dont les 'digimons" doivent être traités. Alors que d'autres digimons commencent à apparaître dans tout le Japon, ils mettent leur différence de côté pour reconduire les digimon dans leur monde. Yamaki, qui est à la tête d'une organisation secrète appelé Hypnos essaie d'éliminer tous les digimons.

Taiki Kudo is an upbeat boy with a desire to help those in need, although he tends to overexert himself. One day, he hears the voice of a Digimon named Shoutmon who is on the verge of death. Wanting to help him, Taiki is given a Digivice known as a Xros Loader, and he and his friends Akari Hinomoto and Zenjiro Tsurugi are warped to the Digital World where they meet Shoutmon and his allies, Ballistamon, Starmon and the Pickmons. By using the power of the Xros Loader, Taiki can perform a DigiXros, which can fuse any of his allies together into different forms. Taiki and his friends use this ability to fight the forces of the Bagura Empire while crossing paths with teams Blue Flare and Twilight.

Takuya est un jeune garçon qui rêve d'aventures. Après une énième dispute avec sa famille, il reçoit un mystérieux message lui indiquant qu'il peut commencer une nouvelle vie en montant dans un train qui ne va pas tarder à partir de la gare. Takuya, voulant fuir les remontrances de ses parents, monte dans le train qui l'emmène dans un nouveau monde inconnu, Le Digi World, un endroit rempli de créatures digitales appelées Digimon. Avec ses nouveaux camarades Izumi, Junpei, Tomoki et Kôji, ils découvrent qu'ils sont les Enfants Élus pouvant se transformer en l'un des Dix Guerriers Légendaires grâce à leur Spirit. Ils partent donc en quête des autres Spirit afin de combattre le digimon maléfique Cherubimon et ainsi ramener la paix dans le Digi World.