Masaru, jeune écolier de 14 ans, ne perd jamais un combat. Il rencontre Agumon qui vient de s'enfuir de la DATS (une organisation secrète du Gouvernement). Après quelques fausses impressions, ils deviennent meilleurs amis. Avec Yoshino et Touma dans la DATS, Ils enquêteront sur des accidents variés concernant le Digi-World et les Digimons et en chercheront la cause.