Grand Blue raconte le quotidien de Kitahara Iori, qui part s'installer dans la petite ville côtière de Izu pour ses études universitaires et ainsi commencer une nouvelle vie.

Là bas, pendant son temps libre, il travaille dans la boutique de plongée de son oncle Grand Blue, où traînent des mecs de la fac complètement déjantés et passionnés de plongée.

A son école, Iori découvre que l'on passe son temps à draguer les filles et s'amuser plutôt qu'à travailler.

L'océan, de jolies filles, des mecs qui aiment la plongée et l'alcool : Iori réussira t-il à vivre sa vie rêvée d'universitaire ?