Rintarô Okabe est un scientifique un peu paranoïaque, toujours accompagné de Mayuri et Itaru, qui l'aident dans ses expériences farfelues pour son laboratoire. Alors qu'il participait à un séminaire sur le voyage dans le temps, Rintarô rencontre Kurisu, qui tente de le persuader qu'il lui a parlé quinze minutes avant, mais Rintarô n'en a aucun souvenir et ne se rappelle pas avoir vu la jeune fille. Peu de temps après, il retrouve le corps sans vie de Kurisu. Tentant alors de prévenir Itaru par texto, il est plongé dans une ville fantôme. En reprenant ses esprits, il retrouve Mayuri et ne comprend pas ce qui s'est passé, d'autant plus qu'entretemps un satellite s'est écrasé sur l'immeuble dans lequel il se trouvait. L'incompréhension sera encore plus importante pour Rintarô quand il apprendra que le texto qu'il avait envoyé à Itaru date d'une semaine, et que Kurisu est encore vivante. -Blaster- source : Animeka

L'histoire se déroule en novembre 2010, dans la ligne de l'univers Bêta, alors qu'Okabe Rintarou n'a pas réussi à "la" sauver, ce fameux 28 juillet et a fini par revenir seul. Cependant, Okabe ne sait pas que Kurisu est toujours là… Zero est une histoire annexe qui explore les événements de l'avenir de Bêta qui contribuent à rendre possible la fin de l'histoire originale.

Le 7 septembre 2015, un homme meurt soudainement en postant une vidéo de sa caméra sur le Web. Plus tard, le 19 septembre un musicien de rue meurt de la même étrange façon en s'exécutant. Miyashiro Takuru, un membre du Club de presse de l'Académie Hekihou est chargé d'examiner ces incidents...

Takumi Nishijô est un lycéen de deuxième année pas forcément comme les autres. En rupture progressive avec sa famille, il vit dans un container sur le toit d'un immeuble. Cet isolement lui permet de vivre dans son monde d'Otaku et lentement, il décroche de la réalité, sombrant parfois dans ses illusions soutenues par son héroïne d'anime préférée. Pendant ce temps, dans le monde réel, des événements étranges et sordides surviennent, les médias et la police les dénomment effet next gen. Notre otaku s'en contrefiche pas mal jusqu'au moment ou ces événements s'immiscent dans son petit monde virtuel. C’est ainsi qu’entre meurtres étranges, psychoses et nouvelles connaissances débute pour lui une histoire où le réel et l’imaginaire ne sont séparés que d’un pas.

YASHIO Kaito est le dirigeant du club de robotique de son école, mais le club risque d'être dissous par le manque de membre. C'est alors qu'il rencontre Airi, une programmeuse de génie qui a créé un moteur de jeu de combat de renommé mondiale. Kaito lui demande alors de l'aider à créer un robot géant de combat, dont les mouvements seront enregistrés grâce à la motion-capture. Ils décident alors de recruter une personne du club de karaté afin qu'elle exécute les séquences de mouvement.