Un jour, Lord El-Melloi II, l'ancien Waver Velvet, se rend avec Gray, son assistante, au château d'Adra pour récupérer son héritage. Cependant, ils ne sont pas les seuls a avoir été convoqués. La volonté de l'ancien propriétaire stipule que les candidats réunis doivent s'affronter dans un jeu d'esprit pour remporter le château.

Après la fin de la troisième guerre du Graal, une organisation de Mages des Etats-Unis, séparés de l'association de celle basée à Londres, ont récolté des données de la guerre du Graal de Fuyuki et ont planifié leur propre rituel. 70 ans plus tard, ils choisissent la ville de SnowField comme une Terre Sacrée pour leur propre guerre du Graal. Mais ils n’ont pas réussi à copier avec succès chaque aspects du rituel ce qui a mené à la perte de plusieurs classes de servant comme Saber et permis la convocation de servants étranges en raison de la définition floue d’un « Guerrier Héroïque ». L'association Londonienne de Mages a envoyé Rohngall et son élève, Faldeus, pour enquêter sur la ville et le statut de la guerre mais Faldeus, un espion de l'organisation des USA, a tiré sur Rohngall tout en sachant qu’il était simplement une marionnette…

L'histoire de Fate/Hollow Ataraxia se déroule environ six mois après la 5ème Guerre du Saint Graal et met en scène deux nouveaux personnages : Caren Ortensia et Bazett Fraga McRemitz. Cette dernière aurait dû participer à la 5ème Guerre en tant que Master de Lancer mais il la trahi puis la tue. Elle se réveille toutefois quelques jours plus tard avec un nouveau Servant à ses côtés : Avenger.