L’histoire se déroule dans un univers alternatif à Fate/Stay Night. Illya, jeune fille débrouillarde, vit avec deux servantes et son demi-frère, Emiya Shiro. Le choses se compliquent lorsque Rin Tohsaka et de Luviagelita Edelfelt emménagent. C’est alors que Illya tombe sur un bâton magique qui confère des pouvoirs de Magical Girl. Sa mission dorénavant ; Récupérer de mystérieuses cartes dispersées dans tout le Japon pour l’organisation Zeltretch.

Il s'agit d'un spin-off de la série Fate/Stay Night.Rin Tohsaka est une mage chargée par Zelretch de collecter les cartes des sept servants dispersées dans la ville de Fuyuki. Malheureusement, elle découvre qu'elle ne peut pas utiliser la magie de Ruby, son sceptre. Rin va alors découvrir en Illyasviel von Einzbern un potentiel pour devenir magical girl à sa place. Illya va alors utiliser le Kaleido Stick Ruby pour collecter les cartes tout en étant supervisée par Rin. La petite fille va également découvrir une rivale et amie de taille nommée Miyu Edelfelt, qui avait pour maître Luviagelita Edelfelt, la rivale de Rin. Par ailleurs, pendant la collecte de cartes, Illya va découvrir une autre jeune fille lui ressemblant étrangement : Kuroe. Cette dernière n'a pas l'intention de la laisser remplir sa mission et tente de l'éliminer.