Ere Cosmique année 70. Voilà un an et demi que la guerre a commencé entre les Naturels et les Coordinateurs et les conflits n'ont cessé de s'aggraver. Sur Heliopolis, une colonie spatiale neutre, Kira Yamato, un jeune Coordinateur, et ses amis semblent vivre des jours heureux loin de ces tensions... Cependant, des prototypes secrets de Mobile Suit appartenant l'Alliance Terrienne sont développés sur cette colonie, et ZAFT, l'armée des Coordinateurs, ne compte pas se laisser faire... Kira, sans le vouloir, parviendra-t-il à prendre en main le GAT-X105 Strike, et surtout à faire face à son meilleur ami Asran Zala, qu'il a perdu de vue et qui s'est depuis engagé dans l'armée ennemie ?

Durant la bataille d'Orb, une famille de Coordinators a été retrouvée morte, victime d'un tir croisé. Shin Asuka, 15 ans, est le seul survivant de sa famille. A la fin de la guerre, il choisit de rejoindre les PLANTs afin de devenir militaire et protéger ce qu'il considère désormais comme son pays, mais aussi la paix qui s'installe lentement. Malheureusement, un an et demi après la fin des hostilités, un attentat provoque le début d'une nouvelle guerre.