L'histoire se déroule durant l'ére cosmique 72 et reprend les mêmes bases que Gundam Seed l'anime . Un jeune coordinator , Kira Yamato , vie avec ses amis dans une colonie spatial appelé Héliopolis sans se préoccupé de la guerre qui les entoure au dehors entre les Humain "naturels" de l'alliance terrienne et les Coordinators , humains génétiquement modifié. Vivant dans une colonie neutre , ces jeunes gens ne se doute pas que l'alliance térrienne a mis en place un programme de recherche sur Héliopolis , visant a construire 5 nouveaux type de Mobile suit au profit de l'Alliance pour mettre fin a la guerre au plus tôt...

L'action de ce special se situe à Orb, après la fin de la série Gundam Seed. Il s'agit de l'épilogue au cours duquel on voit Athrun et Kira discuter de leurs impressions vis-à-vis de la paix retrouvée.

Ces deux mini épisodes reprennent des personnages et des mecha issus des manga Astray R et Astray B ainsi que des mobile suits tirés de la série de figurine Gundam SEED MSV.

UC 0079, sur la Colonie Side 7, trois Mobiles Suits de Zeon, des Zaku II, entrent dans la Colonie pour y trouver la nouvelle arme de la Fédération, un certain Projet V. Une alerte est déclenchée visant à évacuer les civils de la Colonie. Parmi eux se trouve Amuro Ray, un jeune homme dont le père travaillait sur ce fameux projet V. Il verra allongée sur un camion la nouvelle arme de la Fédération : un Mobile Suit du nom de Gundam.

Ceci est une série de 3 épisodes spéciaux reprenant la trame de la série original, mais contenant toutefois des passages inédits. THE EMPTY BATTLEFIELD : Il s'agit du premier spécial. Il relate le début de la série jusqu'à la phase 21. Après que Zaft ait volé les prototypes Gundam, Kira et ses amis se retrouvent embarqués sur l'Archangel, et Kira est obligé de combattre pour les protégés. Durant ce spécial, le visage de Rusty, un camarade d'Asran est dévoilé. THE FAR-AWAY DAWN : Le second spécial est accès sur la fuite de l'Archangel en direction de l'Alaska, ainsi que son arrivé à Orb. C'est dans cette partie qu'aura lieu le combat de Kira et Asran. THE RUMBLING SKY : La bataille final et les révélations seront un peu plus nombreuses que dans la série. Les noms des parents de Kira y sont dévoilés, ainsi que le visage de Raw le Creuset.