Ere Cosmique année 70. Voilà un an et demi que la guerre a commencé entre les Naturels et les Coordinateurs et les conflits n'ont cessé de s'aggraver. Sur Heliopolis, une colonie spatiale neutre, Kira Yamato, un jeune Coordinateur, et ses amis semblent vivre des jours heureux loin de ces tensions... Cependant, des prototypes secrets de Mobile Suit appartenant l'Alliance Terrienne sont développés sur cette colonie, et ZAFT, l'armée des Coordinateurs, ne compte pas se laisser faire... Kira, sans le vouloir, parviendra-t-il à prendre en main le GAT-X105 Strike, et surtout à faire face à son meilleur ami Asran Zala, qu'il a perdu de vue et qui s'est depuis engagé dans l'armée ennemie ?

An 72. La guerre qui a déchiré les PLANT et l'Alliance Terrienne durant un an et demi s'est finalement achevée. Au terme des négociations, un traité de paix fut signé sur les lieux de la tragédie de Junius 7, là même où les hostilités avaient débuté le jour de la triste Saint-Valentin sanglante. Il est à présent l'heure pour les Naturels et les Coordinateurs de s'accepter et de développer ensemble une paix durable. Mais alors que le monde semble enfin avoir retrouvé le chemin de la paix, les rouages d'un terrible destin se mettent en marche.