Durant la bataille d'Orb, une famille de Coordinators a été retrouvée morte, victime d'un tir croisé. Shin Asuka, 15 ans, est le seul survivant de sa famille. A la fin de la guerre, il choisit de rejoindre les PLANTs afin de devenir militaire et protéger ce qu'il considère désormais comme son pays, mais aussi la paix qui s'installe lentement. Malheureusement, un an et demi après la fin des hostilités, un attentat provoque le début d'une nouvelle guerre.

Ere Cosmique année 70. Voilà un an et demi que la guerre a commencé entre les Naturels et les Coordinateurs et les conflits n'ont cessé de s'aggraver. Sur Heliopolis, une colonie spatiale neutre, Kira Yamato, un jeune Coordinateur, et ses amis semblent vivre des jours heureux loin de ces tensions... Cependant, des prototypes secrets de Mobile Suit appartenant l'Alliance Terrienne sont développés sur cette colonie, et ZAFT, l'armée des Coordinateurs, ne compte pas se laisser faire... Kira, sans le vouloir, parviendra-t-il à prendre en main le GAT-X105 Strike, et surtout à faire face à son meilleur ami Asran Zala, qu'il a perdu de vue et qui s'est depuis engagé dans l'armée ennemie ?

L'action de ce special se situe à Orb, après la fin de la série Gundam Seed. Il s'agit de l'épilogue au cours duquel on voit Athrun et Kira discuter de leurs impressions vis-à-vis de la paix retrouvée.

Alors que la bataille finale fait rage, Shin se demande encore s'il a choisit le bon chemin. Mais l'heure est venu pour lui aussi de combattre et son adversaire n'est autre qu'Asran. Tandis qu'il s'affrontent, Rey combat Kira. A la fin, Shin et Rey sont vaincu, et, pendant qu'Asran, part aidé l'Archangel à détruire le dispositif sur la Lune, Kira part affronter le Président, mais il n'est pas seul en chemin.

Ère Cosmique année 73, alors que les restes de Junius-7 s'écrasent sur Terre, provoquant ainsi un nouveau conflit entre Naturels et Coordinateurs. Une organisation neutre, la DSSD, tente de développer son nouveau projet afin d'étendre la colonisation spatiale, notamment sur Mars... Le Projet 401, Stargazer, va bientôt voir le jour grâce à Selene McGriff, mais le Phantom Pain, organisation dirigée par le Blue Cosmos, continue de s'étendre sur Terre, et envoie ses meilleurs pilotes, dont Sven Cal Bayan, mettre en péril les actions de la DSSD...

Ceci est une série de 4 épisodes spéciaux reprenant la trame de la série original, mais contenant toutefois des passages inédits ainsi que la conclusion définitive de la série. THE BROKEN WORLD Ce premier OAV reprend le début de la série en intégrant plus tôt l'apparition de certains personnages comme Kira, Lacus et Heine. Il rend aussi plus flou le rapport entre Asran et Cagalli. Il y a peu de scènes bonus dans cet OAV. RESPECTIVE SWORDS Dans cet OAV, de nouvelles informations sur le SEED sont révélés. Les liens entre Rey et le President sont mis en valeurs, contrairement à la série. THE HELLFIRE OF DESTINY Dans cet OAV, les scènes ajoutés on pour but de renforcer les relations entre certains personnages. Cet OAV contient les combats de Shin contre Asran et Kira ainsi que la bataille d'Orb. THE COST OF FREEDOM Cet OAV relate la fin de la série. Le combat final a été modifié par endroits, ainsi que la relation entre certains personnages. L'ending contient la conclusion de la série.