C'est l'année 4084. Mille ans ont passés depuis la Crise de Systèmes qui a abouti à la destruction de quatre systèmes planétaires, laissant seulement une planète habitable, Zion.

L'humanité est forcée de vivre dans des colonies spatiales, depuis que la planète est constamment envahie par des formes de vie étrangères qui sont venues pour être connu sous le nom de Victime. Pour arrêter les étrangers et permettre aux gens d'atterrir sur Zion, l'humanité a développé les armes humanoïdes astronomiques appelés Ingrids, sont aussi connu comme des Déesses.

Au G. O. A. (Goddess Operation Academy, littéralement : L'Académie d'Opération de Déesse), de jeunes hommes sont formés pour être capable de piloter les Ingrids. Chacun des pilotes fait appel à un pouvoir spécial.

Le temps qu'un enfant peut contrôler une Déesse est limité et les remplacements doivent être faits après une durée modérée.