Dans un monde futuriste où la guerre fait rage entre l'Union et la Deague, Souko no Strain nous raconte l'histoire de l'orpheline Sara Werec. Alors que son unique frère Ralph rejoint le front, elle décide d'endurer le pire pour devenir, comme lui, membre des pilotes d'élite de l'Union : les Reasoners. Toujours sur les bancs de l'académie, Sara apprend à maîtriser son STRAIN, le robot futuriste attitré des Reasoners.

Alors que Sara s'épanouit entourée de ses amis, l'horreur de la guerre vient soudain troubler sa paisible vie. Suivez le combat de Sara dans un monde où trahisons et perte d'êtres chers font partie de la vie quotidienne !