Kiyotaka Ayanokôji intègre le prestigieux lycée de haut niveau de Tokyo où, une fois le diplôme en poche, quasiment 100 % des élèves trouvent un travail ou sont reçus à l’université. Pas de chance, il se retrouve dans la 2de D où finissent tous les élèves à problèmes ! Mais au bout d’un mois, Kiyotaka et ses camarades de classe découvrent l’envers du décor et le terrible système sur lequel repose le fonctionnement de cette école…

L'histoire prend place dans le lycée K?do Ikusei, une école prestigieuse dotée d'installations ultra-modernes où 100 % des étudiants vont ensuite à l'université ou entrent dans la vie active. Les élèves ont une liberté totale, ils peuvent avoir la coupe de cheveux qu'ils désirent et apporter n'importe quel bien personnel dans l'établissement. K?do Ikusei est comme le paradis, mais seulement en apparence : en effet seuls les étudiants avec de bons résultats reçoivent ce genre de traitement. Kiyotaka Ayanok?ji est un élève de la classe D, regroupant les pires élèves de l'établissement, ceux avec les résultats les plus mauvais. Pour une certaine raison, Kiyotaka a été négligent durant les examens d'entrée et a donc été placé dans cette fameuse classe. Après avoir rencontré Suzune Horikita et Kiky? Kushida, deux élèves de sa classe, la situation de Kiyotaka va commencer à changer.