Dans le sympathique village caché de Konoha vit une tribu aux coutumes ancestrales. Les enfants sont entrainés dès leur plus jeune âge pour devenir des ninjas, encouragés en cela par le maitre Hogake, le guerrier le plus puissant de chaque génération. Il y a de cela plusieurs années un démon renard à neuf queues entreprit la destruction du village et c'est le maitre Hokage 4ème du nom qui permit la survie de son peuple, au prix de sa vie. Les enfants de l'école de ninjas essaient donc de devenir aussi forts si ce n'est plus que cet illustre ancêtre. Naruto fait partie de ces jeunes pleins d'ambitions. Orphelin et éternel farceur, il passe son temps à jouer les pires blagues pour tromper sa solitude et se faire remarquer, n'étant aimé pour une raison inconnue par personne. Cela fait déjà deux fois qu'il échoue au diplôme d'assistant ninja qui doit lui ouvrir les portes de l'entrainement de ninjutsu. Mais les choses vont peut-être enfin changer, une nouvelle épreuve doit bientôt avoir lieu. Mais une surprise attend Naruto...

Naruto est de retour à Konoha trois ans après son voyage d'entraînement avec Jiraiya. Konoha n'a pas changé, enfin presque. Notre cher héros retrouve une Sakura bien plus forte, un Kakashi toujours fidèle à lui-même, et des compagnons qui n'ont pas l'air d'avoir chômé ces trois dernières années, mais les retrouvailles seront de courte durée... Akatsuki reprend aussi du service et, qui plus est, a l'air de sortir les grands moyens pour exécuter ses plans. Naruto et les autres équipes sont dépêchés pour les contrer, un bon moyen pour voir les résultats d'entraînement de tous. Tout au long des ses aventures, Naruto devra faire face à divers périples et choix bien plus difficiles qu'auparavant. Il devra fournir plus d'efforts et changer d'attitude pour protéger ses amis et surtout espérer ramener Sasuke...