Naruto est un garçon un peu spécial. Solitaire au caractère fougueux, il n’est pas des plus appréciés dans son village. Malgré cela, il garde au fond de lui une ambition: celle de devenir un « maître Hokage », la plus haute distinction dans l’ordre des ninjas, et ainsi obtenir la reconnaissance de ses pairs mais cela ne sera pas de tout repos… Suivez l’éternel farceur dans sa quête du secret de sa naissance et de la conquête des fruits de son ambition!

Naruto est de retour à Konoha trois ans après son voyage d'entraînement avec Jiraiya. Konoha n'a pas changé, enfin presque. Notre cher héros retrouve une Sakura bien plus forte, un Kakashi toujours fidèle à lui-même, et des compagnons qui n'ont pas l'air d'avoir chômé ces trois dernières années, mais les retrouvailles seront de courte durée... Akatsuki reprend aussi du service et, qui plus est, a l'air de sortir les grands moyens pour exécuter ses plans. Naruto et les autres équipes sont dépêchés pour les contrer, un bon moyen pour voir les résultats d'entraînement de tous. Tout au long des ses aventures, Naruto devra faire face à divers périples et choix bien plus difficiles qu'auparavant. Il devra fournir plus d'efforts et changer d'attitude pour protéger ses amis et surtout espérer ramener Sasuke...

Alors que le village de Suna fait face à une étrange armée de soldats invincibles, Naruto et Sakura, accompagné par Shikamaru, doivent ramener un animal perdu à un village. Mais une fois leur mission accompli, notre trio est attaqué par un mystérieux chevalier nommé Temujin. Après un combat contre Naruto, ce dernier se retrouve séparé de ses coéquipiers et est recueilli, avec son agresseur, par une mystérieuse caravane.

L’équipe 7 de Konoha se retrouve chargé d’une mission de rang A, en effet, ils doivent escorté une célèbre actrice, Fujikaze Yukie, et son équipe de tournage dans le pays de la neige. Malheureusement, cette actrice garde un secret qui met en péril l’aventure, en effet, le seigneur du pays des neige envoie ses 3 meilleur ninja, armé d’une armure qui bloque tous type de Genjutsu, l’art des illusion, et le Ninjutsu, l’art de lancer des sorts, récupérer un médaillon que possède la star… A quoi peut bien servir ce médaillon ? Quel est la raison pour laquelle Yukie refuse catégoriquement de retourner dans ce pays ?

L'équipe 7, accompagné de Rock Lee, doivent escorter le roi du pays de la Lune durant son voyage sur l'île du Croissant. Celui ci, très riche, ne cesse d'acheter tout ce qui lui plait et même un cirque entier avec un tigre à dents de sabre. Cependant, trois ninjas projettent une attaque contre le convoi.

Pour le 10ème anniversaire de la série Naruto, un épisode spécial a été créé. Cet épisode met en scène l'équipe de Kakashi. Il est très différent de la série TV.

Un grand évènement est sur le point de débuter à Konoha. Il s'agit d'un grand jeu se faisant affronter tous les ninjas du village. Chacun d'eux se voit attribuer un cristal : bleu pour les Genins, rouge pour les grades supérieurs. Le but est de collecter tous les cristaux afin de pourvoir créer une règle à laquelle tout le monde devra se plier.

Dans ce petit OAV, l'équipe de Naruto Uzumaki (qui est composé de Sasuke et Sakura) accompagné de Kakashi Hatake a pour mission d'escorter le nouveau chef du village caché de la chute d'eau, Shubuki. Shubuki est un garçon qui manque de courage et de détermination, c'est aussi un trouillard qui a peur de beaucoup de choses. Malgré toutes ces mauvaises qualités, Shibuki est quant même adoré par les habitants de son village. Alors que tout se passait bien pour l'équipe de Naruto, un mystérieux groupes de ninjas s'attaquent à Shibuki et malheureusement Kakashi Hatake a disparu ! C'est toute seule que l'équipe de Naruto va devoir s'occuper de la bande de ninjas. En réalité, les terribles ninjas menés par un certain Suien, un ancien ninja du village caché de la chute d'eau, cherchent à récupérer l'Eau du Héros, une eau magique qui a la faculté de décupler le "Chakra" de celui qui la boit. Shibuki en tant que nouveau chef du village a le devoir de protéger cette eau de tous bandits. Shibuki, Naruto, Sasuke, Sakura et Kakashi pourront-ils protéger l'Eau du héros ?

Konohamaru est désespéré : la fillette de son coeur va quitter Konoha et l'Académie des Ninjas pour suivre son père qui déménage. En tant que petit fils d'Hokage, il confie à Naruto la difficile mission de récupérer le fameux trèfle pourpre à quatre feuilles, qui est censé porter chance à son propriétaire. Seulement....le trèfle en question ne pousse que dans une aire dangereuse réservée à l'examen de passage des Chunin...