À Amestris, un immense pays, l'armée tient une place très importante puisque son dirigeant, King Bradley, est également le président du pays. Cette armée est soutenue par des alchimistes, les Alchimistes d'État dont le plus jeune, Edward Elric, a pour spécialité le métal. On le surnomme le Fullmetal Alchemist. Edward a tout juste 15 ans, et parcourt le pays en compagnie de son frère, Alphonse, à la recherche de la Pierre Philosophale. Il a pour but de rendre son corps à son frère, car Alphonse n'est qu'une âme rattaché à une armure par un sceau de sang. Étant plus jeunes, ils ont essayé de redonner vie à leur mère grâce à l'alchimie, mais la tentative fut un échec cuisant, et Alphonse perdit son corps. Edward garde lui aussi des séquelles de leur tentative, puisqu'il a le bras droit et la jambe gauche en métal. Mais la quête des deux frères risque de les mener vers une vérité

FMA : le film est la suite de l'anime Fullmetal Alchemist et reprend là où il en était resté. Edward et Alphonse se retrouvent chacun d'un côté de la "Porte" et cherchent à se retrouver pour savoir si l'un et l'autre vont bien et si la transmutation finale d'Edward a fonctionné. Alphonse ne se souvient de rien en ce qui concerne toutes les aventures vécues avec son frère : la pierre philosophale, les homonculus, etc... Mais il a repris ses études d'alchimie, plus motivé que jamais. Edward, lui, doit survivre dans un contexte de l'Entre Deux Guerres à Munich, aidant une jeune bohémienne, Noa, qui peut lire à travers lui et découvrir le monde de l'alchimie. Mais l'affaire se complique : dans le monde d'Edward, il n'est pas le seul à vouloir passer de l'autre côté de la porte...

4 OAV prolongeant l'univers de Fullmetal Alchemist : quelques petits amusements, comme une histoire en mode chibi, ou encore l'affrontement entre les Alchimistes et les Homoncules.

L'Alchimie existe pour permettre aux hommes d'améliorer leur quotidien. Pour pouvoir l'utiliser, ils doivent comprendre un principe fondamental : pour chaque chose créée, il faut en sacrifier une autre. C'est le principe de l'Échange Équivalent. Edward et Alphonse Elric l'ont appris à leurs dépends. Pour retrouver ce qu'ils ont perdu, les deux jeunes frères s'engagent dans l'armée d'Amestris, et à la solde du gouvernement, tentent de calmer les nombreux conflits à l'aide de leur alchimie. Leur quête de la Pierre Philosophale les mènera vers de nouveaux amis, vers un complot à l'échelle nationale, et vers une Vérité plus que terrifiante. Réussiront-ils à déjouer les plans de Father ? Et qui se cache derrière ce physique si familier ? "Qu'avons-nous ici, entre les mains, est-ce l'Espérance ou le Désespoir ?"

Episode résumant l'histoire de la série. Principalement composé de séquences tirées de l'original, il ajoute quelques dialogues et une fin quelque peu remaniée. Il doit principalement son existence à la sortie du film qui est intervenue peu de temps après.