L'histoire se passe dans un monde désolé recouvert de neige et d'étendues désertiques. La majorité des hommes vivent dans des villes recouvertes de grands dômes pour se protéger du climat extérieur mais la pauvreté se ressent au détour de chaque ruelle.

Voila maintenant 200 ans que les loups ont été exterminés et ceux qui se rappellent encore de leur existence n'en parlent que par des légendes qu'on leur a racontées.

Pourtant ils errent encore. Ils prennent apparence humaine et trompent le regard des hommes puis se fondent parmi eux pour se protéger. Une prophétie raconte que leur réapparition signifiera la fin du monde. Sous la lune rouge, ils chercheront leur paradis (rakuen en japonais) et seuls eux pourront y entrer, s'en sera alors fini de l'humanité.

Les loupsKiba, un loup blanc, entend un appel au fond de lui qui lui dit de trouver cet Eden perdu. Sur les traces de Cheza la fleur de lune, il est bien vite rejoint par Hige, Toboe et Tsume, trois autres loups qui ne veulent plus vivre cachés parmi les humains. Commence alors pour la meute la quête du Paradis et un voyage qui s'annonce plein de difficultés…

Car ils ne sont pas seuls. Les Nobles bénéficiant d'une technologie avancée sont ceux qui ont créé Cheza pour chercher leur propre paradis et entendent bien ne pas laisser les loups le trouver avant eux. Parallèlement, Cher, Hubb et Quent, de simples humains suivent aussi leur piste pour leur propre intérêt.