Miharu Rokujô est un adolescent totalement indifférent à ce qui l'entoure. Collégien moyen et sans histoire, il manque un jour d'être enlevé par les Kairoshû, des ninjas issus du très ancien clan Iga. Sauvé par des élèves de son école qui se révèlent eux-même ninjas, il apprend que son corps renferme le Shinrabanshô, la technique la plus puissante mise au point par les habitants de Nabari, le monde secret des ninjas. Du jour au lendemain, Miharu devient alors le garçon le plus convoité et le plus puissant du monde, mais saura-t-il maitriser cette puissance ?! Pourra-t-il un jour retrouver sa vie tranquille ?!