Le manga commence avec l'élimination de la Coupe du monde 2018 du Japon, ce qui incite l'Union japonaise de football à lancer un programme de surveillance dans les écoles secondaires afin de sélectionner les joueurs qui vont s'entraîner et se préparer pour la Coupe du monde 2022. Le protagoniste Yuichi Kiyoshi, un membre avancé de son équipe de lycée, reçoit une invitation à rejoindre le programme, peu après que son équipe a manqué la finale de Saitama, faute de pouvoir jouer dans les championnats nationaux.

En 2018, le Japon est éliminé de la coupe du monde de Football dès les huitièmes de finale. Pour faire face à ce nouvel échec cuisant, l’Union japonaise de football décide de fonder « Blue Lock », un centre de formation rassemblant les 300 meilleurs attaquants lycéens du pays afin d’y repérer l’attaquant ultime. Nous suivons le parcours de Yoichi Isagi, un joueur encore inconnu de tous mais brulant d’envie de devenir le meilleur parmi les meilleurs. Pour tirer son épingle du jeu et survivre à ce véritable Battle Royal Sportif supervisé par le coach Jinpachi Ego, il n’a qu’une solution : abandonner son esprit d’équipe et ne compter que sur lui-même.