Dragon Century relate deux histoires relatives aux dragons.

Elle suit l'évolution d'un dragon en particulier : Carmine.

1./ Depuis l'apparition de dragons, les populations du monde entier sont en émoi. D'autant que leur apparition coïncide avec une série de meurtres sanguinaires à travers le monde.

Au Japon, l'armée de l'air a autorisé la formation d'une unité d'une vingtaine d'hommes au cas où les dragons se montreraient dans son espace aérien, avec à sa tête, Sagara, un jeune pilote expérimenté. Cette unité s'appelle la SDF : la Special Dragon Unit.Riko, une lycéenne de l'île d'Hokkaido, aimerait pourtant que les dragons viennent et détruisent la ville qu'elle considère vaine et superficielle.

Un jour, elle recueille et prend sous sa protection l'œuf d'un dragon qui finit par éclore. Elle décide de donner le nom de Carmine au dragon nouveau-né.

Mais il semblerait que les dragons qui sont abattus un peu partout dans le monde par les hommes soient là dans un but précis.

2./ Environ 200 ans plus tard, les humains se sont habitués à la présence des dragons au point que ceux-ci fassent désormais partie de leur vie quotidienne.

Il existe par ailleurs un tournoi où s'affrontent les dragons.Rulishia est une jeune fille qui aimerait obtenir une corne de dragon.

Car obtenir ce trophée permet en récompense d'acquérir les services du dragon dont la corne a été subtilisée.Rulishia est la fille de Baldolf, un ancien compétiteur prestigieux du tournoi des dragons.

Elle cherche un homme masqué qui a causé la perte de son père et veut se venger de lui.